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A malária foi intensamente disseminada entre os índios Yanomami no final da década de 80, durante a "corrida do ouro" em Roraima. Na época, milhares de garimpeiros oriundos de regiões endêmicas de malária invadiram esta área indígena e muitos acabaram trazendo consigo a doença. Ao mesmo tempo, a mineração nos leitos dos rios produziu enormes crateras repletas de água, favorecendo a reprodução do mosquito transmissor da doença.

Durante a década de 90, a Fundação Nacional de Saúde (FUNASA) enfrentou grandes dificuldades operacionais na sua ação direta no combate à malária e a incidência e a mortalidade por esta doença permaneceram extremamente altas. Nesta década, a malária foi à doença que mais mortes causou entre os Yanomami.

No final de 1999 a FUNASA convidou a URIHI para, juntos, implementarem um programa de saúde capaz de enfrentar a grave situação de saúde dos Yanomami. Esta parceria deu certo e houve uma redução expressiva do número de casos de malária nas áreas assistidas diretamente pelas equipes da URIHI. No início do nosso trabalho, em janeiro de 2000, o número total de casos diagnosticados chegou a 560. No final desse mesmo ano, ou seja, em dezembro de 2000 o número de casos identificados nesta mesma população foi 200, representando, portanto, uma redução de quase 65% no mesmo ano.

A estratégia da URIHI para o combate à malária se baseia na visita mensal de uma equipe de saúde a todas as comunidades Yanomami sob sua responsabilidade para o diagnóstico e o tratamento precoce e completo da doença. Além disso, está sendo feito o combate ao vetor nas áreas em que, apesar das visitas, a incidência da doença permanece alta e, também, a formação de microscopistas indígenas para colaborarem no diagnóstico da malária em suas aldeias.
As equipes de saúde da URIHI fizeram ao todo 73.589 exames de sangue para a pesquisa da malária durante o ano de 2000, cerca de três vezes mais do que foi feito no anterior. Este dado reflete o grande empenho que estes profissionais de saúde estão tendo para resolver este grave problema de saúde dos índios.