As equipes da URIHI notificaram ao longo do ano 2000, um total de 26.240 casos de doenças. A infecção respiratória aguda (IRA) foi a doença que teve a maior incidência nesta parcela da população Yanomami, sendo responsável por 41% do total das doenças notificadas. A IRA foi também responsável por cerca de 50% dos óbitos de causa conhecida, atingindo principalmente a população infantil.
Desta maneira, com os resultados positivos no combate à malária, a IRA passa a ser a doença que oferece o maior risco à vida dos Yanomami e está sendo encarada como uma prioridade no programa de saúde da URIHI. Para a redução da mortalidade é fundamental o diagnóstico e o tratamento precoces das pneumonias bacterianas que ocorrem, em geral, como uma complicação das gripes. Outra medida que deverá ter um impacto importante é a vacinação contra duas espécies de bactérias que são responsáveis pela maioria das pneumonias (Pneumococo e Haemophilus influenzae) e contra o vírus Influenza. Estas vacinas irão proporcionar aos índios uma resistência maior frente às infecções respiratórias agudas.

Outras doenças de grande importância epidemiológica nesta população notificadas pela URIHI no ano 2000 foram a tuberculose (12 casos novos), cuja incidência na década de 90 foi cerca de 10 vezes a média nacional, a diarréia (1.391 casos), as doenças dermatológicas (3.381 casos) e as doenças sexualmente transmissíveis (DST). Foram diagnosticados no ano, 11 casos de DST (Surucucu:07, Homoxi:02 e Parafuri: 02), doenças que foram introduzidas nestas regiões da área Yanomami, nos últimos 15 anos, em consequência do contato sexual com não-índios em suas terras.